Il gioco delle proteine: Foldit

Le Proteine

Informazioni sulle proteine e sugli alimenti che ne contengono

puzzle del gioco delle proteine

Il concetto del gioco multiplayer online richiama giochi come "World of Warcraft" e "Ultima". L'Istituto Medico Howard Hughes (HHMI) dell'Università di Washington introduce la creazione di proteine in questa linea di giochi con il lancio di "Foldit", un gioco gratuito dove giocatori di tutto il mondo competono disegnando proteine.

Il beneficio del mondo reale: gli scienziati proveranno le proteine disegnate dai giocatori per verificare se si tratta di composti che potrebbero essere viabili per nuove medicine. In questo modo, giocatori di tutto il mondo possono aiutare la ricerca per malattie come l'AIDS, il cancro o l'Alzheimer.

Lo sviluppo del gioco online è una naturale estensione della ricerca dello scienziato David Baker per capire le proteine. Nell'ultima decada, Baker e i suoi colleghi hanno realizzato costanti progressi nello sviluppo di algoritmi informatici per predire come una catena lineare di amminoacidi si piegherà nella caratteristica forma di una determinata proteina. Capire dettagliatamente la struttura di una proteine può fornire agli scienziati una quantità di informazioni per scoprire le complessità della funzione biologica delle proteine e suggerire nuove idee per il disegno delle medicine.

Come è nato il gioco delle proteine?

creazione-proteina-FolditPredire le forme che assumeranno le proteine naturali è una delle sfide attuali della biologia. Anche il modello di una piccola proteina richiede l'esecuzione di trilioni calcoli. Negli ultimi tre anni, volontari di tutto il mondo, attualmente circa 200.000, hanno prestato parte del loro tempo per realizzare questi calcoli in una rete chiamata Rosetta. La logica dietro alla rete informatica è un algoritmo che usa la tecnica Monte Carlo per trovare il migliore "allineamento" per tutte le parti di una determinata proteina.

Visto che i volontari di Rosetta osservavano i loro computer per trovare una soluzione provando metodicamente tutte le combinazioni possibile e il modo per ottenere il miglior allineamento, iniziarono a pensare che un aiuto umano poteva accellerare le cose.

Baker non sapeva come riuscirci fino a un paio d'anni fa mentre faceva sentierismo sul monte Rainier con il suo vicino David Salesin dell'Università di Washington, scienziato informatico che ha anche un laboratorio di ricerca nelle installazioni Adobe Systems. Baker e Salesin cominciarono a discutere su come Rosetta potesse essere interattiva. Salesin pensó quindi che un gioco multiplayer era la strada da seguire. Salesin passò a Baker i nomi di tre colleghi, come lo scienziato informaticodell'UW Zoran Popovic che avrebbero aiutato Baker a creare il gioco.

Nei mesi successivi, lo studente di dottorato Seth Cooper, Adrien e il ricercatore postdottorato Treuille, in collaborazione con Popovic e Baker crearono il programma e il team lo provò su piccola scala. Un gioco tra i team dell'Università della California e quella dell'Illinois risvegliò fervori e acclamazioni inaspettati tra gli spettatori. "Parteciparono in 30 o 40" dice Baker. "La competenza fu altissima."

"Foldit" porta i giocatori attraverso una serie di livelli di pratica disegnati per insegnare le basi del piegamento delle proteine, prima di darli libero sfogo con vere proteine della natura. "Il nostro principale obiettivo era di assicurarci che qualsiasi persona potesse farlo, anche senza sapere cosa sia la biochimica o il piegamento delle proteine" ha detto Popovic.

Obiettivi del gioco delle proteine

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Baker spera tanto che il gioco accelleri la predizione a volte noiosa della struttura. Le nuove proteine potrebbero essere utili in vari modi, dai prodotti farmaceutici a quelli chimici industriali. Con la capacità di qualsiasi persona con un computer e una connessione internet si può iniziare la costruzione di proteine. Baker pensa che il ritmo di scoperta potrebbe aumentare vertiginosamente. "Il mio sogno è che un bambino di 12 anni dell'Indonesia risulti un prodigio e costruisca una cura per l'HIV" dice.

Scarica il gioco delle proteine

Gli utenti possono accedere al gioco dal sito www.fold.it. È disponibile in versioni per Windows, Mac e Linux.

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